Tag Archives: genetik

Genetik Kod ve Meme Kanseri

dna animasyon.gif

Genlerimiz bizim en değerli bilgimiz ve ancak gelişen teknoloji ile bu bilgiye daha hâkim olmaya başlıyoruz. 100 yıl önceki tıbbi bilgi dağarcığımız ile günümüz arasında dağlar kadar fark var. Teknoloji o kadar hızlı ilerliyor ki artık Moore kanunun sonuna gelmek üzereyiz.

 

Teknoloji ilerlese de bazı temel yaklaşımların da tıpta bitmemesi gerekiyor: insan sevgisi ve açık iletişim. Bundan yıllar önce bir üniversite hastanesinde poliklinik yaparken meme kanseri olan bir hastaya muayene masasına geçer misiniz diye sorduğumda hasta bana şaşkın gözlerle bakıp, ben buraya 5 yıldır geliyorum, en son ne zaman muayene oldum hatırlamıyorum demişti. 3 tesla ile MR çekip, 256 kesitli BT’lerin sadece raporlarını okumak da zamanımızda sık yapılan, ancak yapılmaması gereken şeyler: burada beni okuyan genç hekimler varsa onlara tavsiyem istediğiniz filmlere bakın, sadece raporu okumayın.

 

Gelelim konumuza: bence Türkiye’nin yetiştirdiği en iyi matematik hocası olan sevgili Naci Halıcı’nın “zor” tanımı, “basit+basit=zor” analizi ile daha rahat anlayabileceğimiz genler ve kanser konusuna.

 

Kanseri anlamak için iyi analiz etmek gerekiyor: hepimizin ellerinde bulunan akıllı telefonların nasıl çalıştığını biliyor muyuz? Veya 100 önceki bir saat ustasına elimizdeki iphone’un bozulduğunu ve tamire verdiğimiz düşünün: ne yapabilir ki? Bizim de durumumuz bunu gibiydi, şimdi derin analizler yapıp, en basit halini bulup, puzzle’ı birleştirmeye çalışıyoruz. Puzzle ise 6 milyar parçadan oluşuyor. Her bir parçaya baz diyoruz ve bunun aynı zamanda bir eşi var. Bu sistem aynı bilgisayarlardaki gibi çalışıyor: bilgisayardaki sistem ikili, transistorun, yani lambanın açık olup olmaması durumu 0 ve 1 olarak yazılıyor, genlerde ise ATCG gibi yazılıyor.

 

İsterseniz basit bir bilgisayar programı yazalım: bunu da basic dili kullanarak yapalım

 

10 cls (ekranı sil komutu)

20 print “ben genetik öğreniyorum” (ekrana ben genetik öğreniyorum yazar)

30 end (programı bitirir)

 

Bu programın 3 satırdan değil de milyarlarca satırdan oluştuğunu düşünün, ve bu programın bazı yerlerinde harf hatalarının, komut hatalarının, bazen de mantık hatalarının olduğunu ve bunu çözmenin ne kadar zor odlunu düşünün; işte kanser genetiğine hoş geldiniz.

 

Bugün bahsedeceğim çalışma 560 meme kanserinin tüm genomunun araştırılmasını içeriyor.

 

Bu çalışmaya 556 kadın ve 4 erkek alınmış ve 3,479.652 yerine somatik baz koyma, 371.933 küçük indel (yerleştirme, silme), 77.695 yeniden düzenleme tespit edilmiş.

 

93 kanser geninde 1.658 ilerletici mutasyonlar gözlenmiş ve kanserlerin %95’inde en az bir tane ilerletici mutasyon tespit edilmiştir.

 

En fazla mutasyona uğrayan genler ise:TP53, PIK3CA, MYC, CCND1, PTEN, ERBB2, ZNF703/FGFR1 locus, GATA3, RB1 ve MAP3K1.

 

Sonuç

Teknoloji baş döndürücü hızla ilerliyor, kanser genetiğini anlamaya yeni yeni başlıyoruz ve muhtemelen önümüzdeki 10 yılda kanser tedavisinde büyük adımlar atacağımıza inanıyorum.

 

 

Serena Nik-Zainal, et al. “Landscape of somatic mutations in 560 breast cancer whole-genome sequences”. Nature (2016) doi:10.1038/nature17676.

 

http://www.molevol.org/the-universe-of-mutations-2-dna-rearrangements/

 

Reklamlar

Yorum bırakın

Filed under Genel, Kanser

Gen Optimizasyonu ile Obezite Tedavi Edilebilir Mi?

Gen Optimizasyonu ile Obezite Tedavi Edilebilir

Genler ve bilgisayarlar birbirine benzemekle birlikte, genlerin dağılımı ve birbirleriyle etkileşimleri muazzam bir kombinasyon getiriyor. Her ne kadar vücudumuzla ilgili tüm olup bitenleri genlere bağlamamak gerekiyorsa da, bazılarımız genetik olarak o zaman dilimi ve coğrafya için şanslı, bazılarımız ise şanssız.

Neden Zaman Dilimi ve Coğrafya Şansı Belirliyor?

Bundan 150 önce doğduğunuzu düşünün, dünya savaşlar içinde kıvranıyor, şu anda hayat standartları en yüksek olan İskandinav ülkelerinde insanlar açlıktan kırılıyor. 1866 Finlandiya kıtlığında toplumun %15’i açlıktan ölüyor. Bu büyük açlık yıllarının etkisi kuşaklar boyunca da devam ediyor. İsveç’in Överkalix (https://goo.gl/maps/4MgkW) şehrinde yapılan çalışmada 1800, 1812, 1821, 1829, 1831-36 yıllarında hasat alınamadığı gözlenirken, yani açlık oluşurken, 1799, 1801, 1813-15, 1822, 1825-26, 1828, 1841, 1844, 1846, 1853, 1860-61, 1863, 1870, 1876, 1879 ve 1880 yıllarında bol hasat alınıyor. Yani insan hayatı bir bolluk, açlık döngüsü içinde devam ediyor. Açlık yıllarına yağ rezervi ile girmek için insanoğlu bolluk döneminde yemeğe yükleniyor. Bu durum genlerde yapısal değişikliği neden olmamakla birlikte, genin çalışmasını veya susmasını sağlayan epigenetik mekanizmayı etkiliyor.

Vücut Yağının İyi Rengi – Kahverengi

Vücudumuzda iki türlü yağ dokusu bulunmaktadır. Daha az sıklıkla duymuş olduğunuz kahverengi yağ dokusu miktarca da az bulunmaktadır. Bu dokunun özellikle soğuğa adaptasyon sağlamamızda etkili olduğu düşünülmektedir. Kahverengi yağ dokusunun çalışmasıyla (titremeden ısı oluşumu) sağlanmaktadır. Titremeden ısı oluşumu, yani fiziksel aktivite yapmaksızın enerji harcanmasıdır. Bu durum özellikle kas gücü ve hareket kabiliyeti kısıtlı yeni doğanlar için hayati bir önemi vardır. Bir de, tabi ki oturduğu yerden kilo vermek için de elzemdir.

Bu dokunun insanda olduğu düşünülmekteydi, ancak PET/CT’nin (pozitron emisyon tomografisi/ bilgisayarlı tomografi) hayatımıza girmesinden sonra, bu dokuların nerede bulunduklarını ve nasıl değiştiklerini daha iyi ölçer olduk.

Şu zamana kadar kahverengi yağ dokusunu (KYD) arttıran yegâne şeyin soğuk olduğunu biliyoruz. Akut (hızlı, kısa süreli) olarak soğuğa maruz kalma KYD aktivitesini arttırırken, uzun dönemli soğuğa maruz kalma da KYD hacmini arttırmaktadır.

Genler ve Kahverengi Yağ

İngilizce kafiyeli bir söz var: “Nature, or nurture?” Yani doğa mı bakım mı diye. Obezitenin nedenlerinden bir tanesi genler, ama daha çok nedeni ise aşırı beslenmek. Gen kısmından bakıldığında özellikle FTO ( fat mass and obesity associated protein) bölgesinin obeziteyle ilişkili olduğu gözleniyor.

Bu bölgede birkaç değişiklik olabiliyor. Bunlardan rs1421085’in TT olması (yani alelin timin, timin olmas)ı iyi iken, CC olması risk aleli gösteriyor. Single nükleotid polimorfizmi ile ilgili biraz daha detay almak isterseniz https://burakuzel-md.com/2014/12/15/bir-word-belgesi-gibi-genlerimizi-duzeltmek-mumkun-mu/ yazımı okumanızı tavsiye ederim.

Rs1421085 TT olanlarda ARID5B arttıkça, IRX3 ve IRX5 seviyeleri azalıyor. IRX3 ve IRX5 seviyelerinin azalması termogenezi, yani sıcaklık yapımını ve tabi ki enerji harcanmasını arttırıyor.

IRX3 ve IRX5 arttıkça ise termogenez azalıyor. Farelerde eğer IRX3 ve IRX5 geni kapatılırsa, bu fareler fazla yağlı diyete rağmen kilo almıyorlar ve sabah ve akşam enerji tüketimi artıyor, oksijen tüketimi artıyor.

Rs1421085’i CC olan yani risk aleli olanlarda ise ARID5B artımı IRX seviyelerini etkilemiyor. Eğer bu risk aleli, normale CRISPR-Cas9 ile geri döndürülürse, yani genler bu yeni yöntemle değiştirilirse ARID5B artımı ile IRX3 ve 5 seviyeleri azalıyor.

Obeziteye Gen Tedavisi Mümkün Mü?

Yukarda bahsettiğim gibi eğer riskli aleliniz varsa gelecek yıllarda bu alelinizi CRISPR-Cas9 sistemi ile değiştirmeniz mümkün olacak gibi duruyor. Risk alelinizin olup olmadığını nasıl anlayacağım diye soracak olursanız, aslında bir parça tükürükle gen haritanız çıkarılabiliyor.

Son Söz

Obezite için nasılsa genetiktir, genetiği değiştirilmiş organizma nasıl olabilirim diye fazla kafayı yormayın, az yiyin, çok yürüyün, bu ikisini de sevin.

https://en.wikipedia.org/wiki/Finnish_famine_of_1866%E2%80%9368

http://www.nature.com/ejhg/journal/v10/n11/full/5200859a.html

http://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa1502214

1 Yorum

Filed under Endokrin Hastalıklar, Genel Sağlık

Folik Asit Yüksek Tansiyonda İnmeden Koruyor

folİk Asİt ve İnmeFolik asiti özellikle hamile kalanlar veya hamile kalmak isteyenler yakından bilir. Folik asit, diğer isimleriyle folat, B9 vitamini, B vitamini ailesinden vitaminlerdir. Folik asiti insan vücudu üretememektedir, dışarıdan diyet yoluyla almamız gerekmektedir. Folat, DNA yapımında etkili olduğu kadar metilasyonunda da etkili.

Metilasyon, ise epigenetik değişikliklerde önemli, bu demek dediniz mi? Efendim, çağımız genetik çağı, artık bundan sonra senin kolesterolden falan bahsetmek yerine “senin MTHFR geninde bozukluk var mıydı şekerim?” sorularını birbirimize sorar olacağız. Genetik değişiklikler, yapısal değişiklikler, daha önceki yazılarımda da bahsettim, Burak yerine Rakbu yazmak gibi, anlam tamamen değişiyor, yani genin ürettiği protein değişiyor. Epigenetik değişiklikler ise  genin yapısını bozmayan, ama çalışmasının kapatan şeyler. Yani lambanız var, düğmeyi bir türlü açamıyorsunuz. İşte folat da bu noktada yerini alıyor; çünkü epigenetik değişiklikler genin metilasyonu ile oluyor. Dolayısıyla gebelikte bebekte nöral tüp defektlerini engellemekte kullanıdığımız folat, epigenetik üzerine etki ediyor- hem de 50 tanesi 2TL’ye satılıyor (bu nedenden dolayı bir süre sonra eczanelerde bulamayacağız diye tahmin ediyorum).

Folat eksikliği, kansızlık yapabildiği gibiş, homosisteini yükseltiyor. Homosistein yüksekliğ artmış kalp damar hastalığı ile ilişkili, ama daha önce yapılan çalışmalarda homosisteini yüksek olanlara folat verildiğinde homosisteinin düştüğü gözlenmiş, ama kalp damar hastalığı riskinin değişmediği ne yazık ki gözlemiştik.

Bugün bahsedeceğim çalışma Çin’de yapılmış ve ve toplam 20,742 tansiyon hastası çalışmaya alınmıştır. Bu alaınan hastaların öykülerinde inme veya kalp krizi bulunmamaktadır. Bu hastalar folik asidi düzenleyen genlerden biri olan  MTHFR C677T (rs1801133) genotipine göre sınıflamışlar. Bu genin kodu CC olanlar %100 aktivite gösterirken, CT olanlarda %65, TT olanlarda, hayır o TT trending tweet demek değil, timin-timin demek, %30 enzim aktivitesi oluyor. Manası ise, TT olanların kanlarında folat düşük, homosistein yüksek.

Çalışmada bir grup hastaya enalapril içeren tansiyon ilacı, diğer gruba da hem enalapril, hem de folik asit içeren hap verilmiş. Çalışma çift kör yapılmış.

Sonuçlar

4,5 yıl takipte

Sadece enapril alan grupta inme %3,4 iken

Enapril-folik asit alanlarda %2,7 olarak bulunmuş Yani folik asit inme riskini mutlak olarak %0,7 azaltmış. Küçük gibi görünse de oldukça olumlu bir durum oluşturmuş. Yan etki ise her iki grupta benzer saptanmış. Ayrıca genetik değişiklikleri olanlarda da benzer etkiler gözlenmiştir.

Tansiyon hastaları bu çalışmanın ışığında folik asit almaları faydalı olabilir.

Yong Huo, et al. “Efficacy of Folic Acid Therapy in Primary Prevention of Stroke Among Adults With Hypertension in China. The CSPPT Randomized Clinical Trial”. JAMA. Published online March 15, 2015. doi:10.1001/jama.2015.2274

Yorum bırakın

Filed under Akciğer Hastalıkları

Genetik Check-up Yaptırmalı Mıyız?

DNAGenetiğin babası biliyorsunuz Mendel ve önümüzdeki hafta ölümünün 131. yılı olacak. O zamandan bu zamana genetik ile bilgi dağarcığımız oldukça genişledi. 1990’da başlatılan ve 2003’de tamamlanan İnsan Genom Projesi ise bilgimizin artışına hız kazandırdı. Teknolojinin gelişmesiyle de maliyetler 3 milyar dolardan, tüm genom için 3000-4000 dolara, SNP analizi için de 99 dolara kadar geriledi.

Her ne kadar ülkemiz nostaljik takılsa da 21. yüzyıl son sürat yoluna devam ediyor, kuyruklu yıldızlara araç indiriliyor, genlere müdahalede bulunuyor; baş döndürücü bir çağda yaşıyoruz.

Bugün bahsedeceğim çalışma 17,182 kişinin tüm genomunun araştırıldığı bir çalışma. Konunun özü aslında şu, genlerimiz bizlerle birlikte yaşlanıyor ve bu durum da kan kanserine neden oluyor diye düşünüyoruz. Eskiden biliyorsun müzik kasetlerimiz vardı, bu kasetler çalına çalına eskir, sesler cızırdamaya başlar, hatta kopardı. Bizim genler de çok çalına çalına eskiyor, bu deformasyonlar da kanser gibi bantı kopartıyor. En fazla çalınan genler ise kan hücreleri; kandaki beyaz kan hücreleri, ki bunlara lökosit diyoruz.

Lökositlerin kan dolaşımındaki ömürleri 5 saat kadar, ortalamada da bir milimetre küp kanımızda 7000-9000 hücre var; yani vücudumuz aynı şeyi sürekli üretiyor. Bunu da bir kalıp üzerinden yapıyor. Bu kalıba “kök hücre”, “stem cell” diyoruz.

Sonuçlar

40 yaşın altındaki insanlarda somatik mutasyonlar nadir gözleniyor.

70-79 yaşta olanlarda (klonal) mutasyonlar %9,5

80-89 yaşta olanlarda (klonal) mutasyonlar %11,7

90-108 yaşta olanlarda (klonal) mutasyonlar %18,4

Yani yaş arttıkça genler daha çok bozuluyor. En çok bozulan genler:

DNMT3A,

TET2, ve

ASXL1.

Somatik mutasyonlar arttıkça:

Kan kanseri riski 11,1 kat

Tüm nedenler bağlı ölüm riski 1,4 kat

Koroner kalp hastalığı riski 2 kat

İnme riski 2,6 kat artmaktadır.

Her Mutasyon Gelişen Kan Kanseri Oluyor Mu?

Bu çalışmanın gösterdiği, hayır olmuyor. Mutasyon olanların %4’ünde çalışma sırasında kan kanseri geliştiği gözlenmiş. Bu nispeten düşük bir oran. Mutasyonu olan insanlarda daha fazla nedeni açıklanamayan anemi (kansızlık) ve RDW’de artış gözlenmiş, ancak lökosit değerlerinde bir değişim gözlenmemiş.

Sonuç

Yaşla birlikte genlerimiz de yaşlanıyor. Bu konuda bilgilerimiz arttıkça, bu yaşlanmadan genlerimizi nasıl koruyacağımızı da bulacağız.

Siddhartha Jaiswal, et al. “Age-Related Clonal Hematopoiesis Associated with Adverse Outcomes”. N Engl J Med 2014; 371:2488-2498December 25, 2014DOI: 10.1056/NEJMoa1408617

Yorum bırakın

Filed under Akciğer Hastalıkları

Güneş Bol, Peki Neden D Vitaminimiz Yok?

raşitizimD vitamini son 5 yılda oldukça popüler olan bir konu. Öncesindeki popülaritesi çocuklardaydı. Raşitizm benim öğrenciliğimde bile halen görülürken, neyse ki son zamanlarda bu sıklıkla görülmüyor. Fotoğrafta gördüğünüz ise tipik raşitik bir çocuğun O şekline gelmiş bacakları.

Çocuklarda bu durum azaldı, ancak bizler de erişkinde D vitaminine daha fazla bakar olduk. Baktıkça da vahim durum gözler önüne geldi. Benim günlük pratiğimde 10 kişiye D vitamin bakıyorsam, 9’unda eksiklik görüyorum.

Ancak bir kısım hastam hem denize bol bol giriyor, hem defiziksel olarak aktif bir yaşam sürüyorlar, fakat yine de D vitaminleri düşük. İşte bu noktada genler devreye giriyor.

Bugün sizlere bahsedeceğim çalışma bu soruyu araştırıyor. Çalışma Danimarka’nın Kopenhag kentinde yapılmış. Bu arada Kopenhag güzel bir şehir ve insanlar inanılmaz bir şekilde bisikleti hayatlarına entegre etmiş durumdalar. Nyhavn, yani yeni liman kısmı hoş yerler.

Dönelim konumuza, bu çalışmada yaklaşık 95bin kişi ortanca 19 yıl takip edilmiş.

D vitamini düşük (20nmol/L) olanlarda herhangi bir nedene bağlı ölüm 1,19 kat arttığı gözlenmiş. Yine D vitamini eksik olanlarda kansere bağlı ölüm riski de 1,12 kat arttığı da bulunmuş.

Genetik olarak bazı kişilerin D vitamini düşük olanlarda kansere bağlı ölüm riski 1,43 kat artarken, kalp damar hastalıklarına bağlı ölüm riski ile ilişki bulunmamıştır. Dolayısıyla kalp damar hastalığı ile D vitamin arasındaki ilişki genetik temellerden ziyade yaşam tarzından etkilenmektedir.

Konuya İlgi Duyanlar İçin Genetik Analiz

DHCR7 Geni

7-dehidrokolesterol redüktaz. Bu gen sterollerin B halkasındaki C(7-8) çift bağı çıkaran enzimi ve 7-dehidrokolestrolüün kolesterole çevirimini sağlar. Bu gendeki mutasyonlar Smith-Lemli-Opitz sendromunu (SLOS) yapar. Bu genin allerindeki değişikler (SNP) D vitamini kan konsantrasyonunu değiştirmektedir.

DHCR7 rs11234027
11.kromozomda bulunan intergenik SNP. Pozisyonu 71234107, A veya G olabilir

GG aleli ile karşılaştırıldığında
GA alelinde D Vitamini %4 daha düşük
AA alelinde D Vitamini %9 daha düşük

DHCR7 rs7944926

11.kromozomda bulunan NADSYN1geni. Pozisyonu 71165625, A veya G olabilir.

GG aleli ile karşılaştırıldığında
GA alelinde D Vitamini %4 daha düşük
AA alelinde D Vitamini %9 daha düşük

DHCR7 Alel Skoruna Göre

0 skor ile karşılaştırıldığında
1 skorunda D Vitamini %2 daha düşük
2 skorunda D Vitamini %5 daha düşük
3 skorunda D Vitamini %7 daha düşük
4 skorunda D Vitamini %9 daha düşük

CYP2R1 rs10741657
Vitamin D 25-hidroksilazı kodlayan gen.Kolekalsiferolün kalsidiole çevrilmesine yarar.

AA aleli ile karşılaştırıldığında
GA alelinde D Vitamini %2 daha düşük
GG alelinde D Vitamini %7 daha düşük

CYP2R1 rs12794714
AA aleli ile karşılaştırıldığında
GA alelinde D Vitamini %3 daha düşük
GG alelinde D Vitamini %8 daha düşük

CYP2R1Alel Skoruna Göre

0 skor ile karşılaştırıldığında
1 skorunda D Vitamini %1 daha düşük
2 skorunda D Vitamini %3 daha düşük
3 skorunda D Vitamini %5 daha düşük
4 skorunda D Vitamini %9 daha düşük

DHCR7 / CYP2R1Alel Skoruna Göre

0-1 skor ile karşılaştırıldığında
2 skorunda D Vitamini %4 daha düşük
3 skorunda D Vitamini %6 daha düşük
4-5 skorunda D Vitamini %9 daha düşük
6-8 skorunda D Vitamini %14 daha düşük

Bunların Klinik Anlamı Var Mı?
Eğer benim gibi zamanında 23andme.com’dan genetik analizinizi yaptırmış olsaydınız, o zaman genetik durumunuzun ne olduğunu anlayabilirdiniz.

Diyelim ki genetik eksikliğiniz var; crispr’i bekleyeceksiniz (https://burakuzel-md.com/2014/12/15/bir-word-belgesi-gibi-genlerimizi-duzeltmek-mumkun-mu/)

Image created by Michael L. Richardson, M.D. Sept 28th, 2004 de:Bild:Rachitis.jpg

Shoaib Afzal, et al. “Genetically low vitamin D concentrations and increased mortality: mendelian randomisation analysis in three large cohorts”. BMJ 2014;349:g6330

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/1717

Yorum bırakın

Filed under Akciğer Hastalıkları

Bir Word Belgesi Gibi Genlerimizi Düzeltmek Mümkün Mü?

Son yıllarda genetiği değiştirilmiş organizmalarla ilgili daha çok aleyhte yazıları medyada sık görüyoruz. Börtü böceğin genetiği değiştirilmesin diye feveran edilirken (bu arada ben de GDO’lu gıdalara karşıyım), son 3 yıldır bilim dünyası insanın genetiğini değiştirecek kolay bir yöntemi bulmasıyla çalkalanıyor. İnanılmaz bir değişim kapımızda ve bunu durdurmak bence artık mümkün değil.

Gen Mühendisliği benim Cerrahpaşa Tıp Fakültesinin kazandığım 90’lı yılların başında oldukça popüler olmuştu, ancak genleri düzeltmenin o kadar da kolay olmadığı anlaşılınca o dönemki şaşalı günleri sönmüştü. Genler hakkında az çok bilgimiz olsa da gelin isterseniz size basitleştirilmiş bilgisayar diliyle gen nedir ondan bahsedeyim.

Gen her hücremizde bulunan bilgi. Bu bilgi bilgisayarlarımızda da var ve bunu transistörlerin açık veya kapalı olmasıyla saklayabiliyoruz. 1, açık demek,0 kapalı demek. Mesela “B” harfi yazmak istiyorsanız 100 0010, kodunu kullanabiliriz. Yani ilk transistör, buna da lamba diyelim, açık, sonraki 4 lamba kapalı, sonraki bir lamba açık, diğeri kapalı. Alıştığımız bir dil değil, ama en basit hali bu. Peki gende bu durum ne? Lamba açık veya kapalı yerine 4 tane harf kullanıyoruz; bunlara da baz çiftleri denmekte A-T, G-C. Yani birbirine yakın sistemlerden bahsediyoruz. Peki bir insanın tek bir hücresinde bunlardan kaç tane var? Yaklaşık 3milyar tane baz çiftimiz var.

Genlerimizi her hücremizde çoğunlukla aynı bilgiyi içeren bir işletim sistemi olarak da düşünebiliriz. Bu işletim sistemi yaklaşık 25.000 protein programını içermektedir. Bu proteinlerle hayatımızı devam ettirmekteyiz. Bu proteinleri bilgisayarın farklı programları olarak da düşünebiliriz; örneğin bir belgeyi yazdır komutu veya Excel gibi bir program gibi.

Bu 25.000 proteinin kodları ATCGAT gibi yazılmaktadır. Söz ettiğimiz 25.000 proteini kodlayan genler, genomumuzun ancak %1,5’uğunu oluşturmaktadır. Geri kalan %98,5 genetik bilgi her hangi bir protein üretmemektedir, bildiğimiz bir fonksiyonları yoktur, genetik çeşitliliğimizde etkili olduğu düşünülmektedir.

Programların yazılımında bazen farklı bir harf gelebilmektedir; buna single nükleotid polimorfizm denilmektedir. Bu durumda çoğunlukla son ürün etkilenmemektedir: örneğin “Burak” yerine “Buğak” yazsam, yine aynı anlaşılır. Bazen de kaymalar, silinmeler, araya harf eklenmeleri olmaktadır: “Rakbu”, “Buk”, Burddddak”. Bu durumda ürün değişebilmektedir. İşte tüm bunlar hastalıklara yatkınlığa, hastalıklara, kansere neden olabilmektedir.

Gelelim CRISPR-Cas9 sistemine

2 yıl önce İsveç’in Umeå Üniversitesinden Emmanuelle Charpentier ve Berkeley California Üniversitesinden Jennifer Doudna ortak çalışmalarıyla genlerin kolayca ve hızlıca düzenlenebilecek bir sistem geliştirmeleri ile bir çığır açılmış oldu.

CRISPR’in açılımı clustered regularly interspaced short palindromic repeats; bu sistem bakterilerin virüslere karşı kullandığı bir silah olması nedeniyle 1987’den beri biliyoruz. CRISPR’in son kısmı palindromik tekrarlar, yani tersinin tekrarını gösteriyor. Yani, BURAK-KARUB oluyor. Halbuki, genetik dışı kullanımda palindrom tersinden aynı okunan kelimelere denmektedir, örneğin KAYAK.
Cas ise, CRISPR associated genes, CRISPR ilişkili genler demek. Bu sistemin kolaylığı tek bir enzimle (Cas9) bütün işlemin bitmesi.

Konu o kadar heyecan verici ki, inanılmaz miktarda para bu konu için ayrılmış durumda. Örneğin Editas Sağlık bu işe 43 milyon dolar ayırmıştır (http://editasmedicine.com/about.php).

İşlem Nasıl?

Değişiklik yapılacak sıçan embryosu alınır, değiştirilecek gen için uygun CRISPR aleti (Cas9 ve klavuz RNA) embryo için mikroenjekte edilir. Sistem, değiştirilecek DNA bölgesini bulur ve değişikliği yapar. Embryo anne rahmine yerleştirilir, genetiği düzenlenmiş yavrunun doğması beklenir.

Bu sistem oldukça basit, ama her denendiğinde çalışmıyor, başarı şansı 1/20. Ama çalışmalar ilerledikçe bu şans daha da yükseleceği düşünülüyor.

Tıbbi Tedavide Rolü Nedir?

Mart 2014’de yayınlanan bir çalışmada CRISPR’den farklı bir (daha zor) sistemle 12 HIV hastasında klinik yanıt gözlenmiştir (http://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa1300662) .
Genetik bir çok hastalığın bu ytöntemle tedavi edilebileceği düşünülmektedir. Bunun yanında örneğin meme kanseri riskini oldukça arttıran BRCA mutasyonlarının da bu yöntemle düzeltilebileceği, Alzheimer riskini arttıran APOE geni de düzenlenebilecektir.

Son derece heyecanlı, ama bir o kadar da korkutucu bir çağa girdiğimiz kesindir.

http://www.nejm.org/doi/pdf/10.1056/NEJMcibr1403629

Scientific American , December 2014. s 26-30

3 Yorum

Filed under Akciğer Hastalıkları

Kanserin Tedavisi Var; Ancak Saklanıyor Mu?

English: Main symptoms of cancer metastasis. S...

Image via Wikipedia

Kanserle ilgili en çok merak edilen ve üzerinde spekülasyon yapılan konu şudur: “kanserin tedavisi var; ancak saklanıyor”. Bu soru bana ilk 1997 yılında medikal onkolojide intern olarak çalıştığımda sorulmuştu ve geçen yıllar içinde mütemadiyen soruluyor. Okumaya devam et

Yorum bırakın

Filed under Kanser

Kız Çocuklar Annelerine, Erkek Çocuklar Babalarına Çekiyor: Obezite Açısından

İngilterede 226 sağlıklı ailede yapılan çalışmada anne, baba ve çocukların vücut kitle indeksleri ( http://drburakuzel.com/?s=vucut_kitle_indexi ) incelenmiş ve kız çocular annelerine göre, erkek çocular da babalarına göre sınıflandırılmıştır.

Eğer anne obezse 8 yılda obezite gelişme riski kız çocukta 10 kat, baba obezse erkek çocukta obezite gelişme riski 6 kat artmış olduğu bulunmuştur.

Sonuçta, obezite gelişimi genetik değil, davranışsal bir bozukluğun göstergesi olabilir, çocukların ebeveynleri sigara içmediği gibi, obez de olmamaları gerekiyor.

E M Perez-Pastor, B S Metcalf, J Hosking, A N Jeffery, L D Voss and T J Wilkin. “Assortative weight gain in mother–daughter and father–son pairs: an emerging source of childhood obesity. Longitudinal study of trios (EarlyBird 43)”. International Journal of Obesity (2009) 33, 727–735; doi:10.1038/ijo.2009.76

Yorum bırakın

Filed under Şeker Hastalığı (Diyabet)