Tag Archives: tp53

Genetik Kod ve Meme Kanseri

dna animasyon.gif

Genlerimiz bizim en değerli bilgimiz ve ancak gelişen teknoloji ile bu bilgiye daha hâkim olmaya başlıyoruz. 100 yıl önceki tıbbi bilgi dağarcığımız ile günümüz arasında dağlar kadar fark var. Teknoloji o kadar hızlı ilerliyor ki artık Moore kanunun sonuna gelmek üzereyiz.

 

Teknoloji ilerlese de bazı temel yaklaşımların da tıpta bitmemesi gerekiyor: insan sevgisi ve açık iletişim. Bundan yıllar önce bir üniversite hastanesinde poliklinik yaparken meme kanseri olan bir hastaya muayene masasına geçer misiniz diye sorduğumda hasta bana şaşkın gözlerle bakıp, ben buraya 5 yıldır geliyorum, en son ne zaman muayene oldum hatırlamıyorum demişti. 3 tesla ile MR çekip, 256 kesitli BT’lerin sadece raporlarını okumak da zamanımızda sık yapılan, ancak yapılmaması gereken şeyler: burada beni okuyan genç hekimler varsa onlara tavsiyem istediğiniz filmlere bakın, sadece raporu okumayın.

 

Gelelim konumuza: bence Türkiye’nin yetiştirdiği en iyi matematik hocası olan sevgili Naci Halıcı’nın “zor” tanımı, “basit+basit=zor” analizi ile daha rahat anlayabileceğimiz genler ve kanser konusuna.

 

Kanseri anlamak için iyi analiz etmek gerekiyor: hepimizin ellerinde bulunan akıllı telefonların nasıl çalıştığını biliyor muyuz? Veya 100 önceki bir saat ustasına elimizdeki iphone’un bozulduğunu ve tamire verdiğimiz düşünün: ne yapabilir ki? Bizim de durumumuz bunu gibiydi, şimdi derin analizler yapıp, en basit halini bulup, puzzle’ı birleştirmeye çalışıyoruz. Puzzle ise 6 milyar parçadan oluşuyor. Her bir parçaya baz diyoruz ve bunun aynı zamanda bir eşi var. Bu sistem aynı bilgisayarlardaki gibi çalışıyor: bilgisayardaki sistem ikili, transistorun, yani lambanın açık olup olmaması durumu 0 ve 1 olarak yazılıyor, genlerde ise ATCG gibi yazılıyor.

 

İsterseniz basit bir bilgisayar programı yazalım: bunu da basic dili kullanarak yapalım

 

10 cls (ekranı sil komutu)

20 print “ben genetik öğreniyorum” (ekrana ben genetik öğreniyorum yazar)

30 end (programı bitirir)

 

Bu programın 3 satırdan değil de milyarlarca satırdan oluştuğunu düşünün, ve bu programın bazı yerlerinde harf hatalarının, komut hatalarının, bazen de mantık hatalarının olduğunu ve bunu çözmenin ne kadar zor odlunu düşünün; işte kanser genetiğine hoş geldiniz.

 

Bugün bahsedeceğim çalışma 560 meme kanserinin tüm genomunun araştırılmasını içeriyor.

 

Bu çalışmaya 556 kadın ve 4 erkek alınmış ve 3,479.652 yerine somatik baz koyma, 371.933 küçük indel (yerleştirme, silme), 77.695 yeniden düzenleme tespit edilmiş.

 

93 kanser geninde 1.658 ilerletici mutasyonlar gözlenmiş ve kanserlerin %95’inde en az bir tane ilerletici mutasyon tespit edilmiştir.

 

En fazla mutasyona uğrayan genler ise:TP53, PIK3CA, MYC, CCND1, PTEN, ERBB2, ZNF703/FGFR1 locus, GATA3, RB1 ve MAP3K1.

 

Sonuç

Teknoloji baş döndürücü hızla ilerliyor, kanser genetiğini anlamaya yeni yeni başlıyoruz ve muhtemelen önümüzdeki 10 yılda kanser tedavisinde büyük adımlar atacağımıza inanıyorum.

 

 

Serena Nik-Zainal, et al. “Landscape of somatic mutations in 560 breast cancer whole-genome sequences”. Nature (2016) doi:10.1038/nature17676.

 

http://www.molevol.org/the-universe-of-mutations-2-dna-rearrangements/

 

Reklamlar

Yorum bırakın

Filed under Genel, Kanser

Neden Filler Daha Az Kanser Olur?

African_Bush_Elephant

1970’li yıllarda yapılan bir belgeselde neden köpekbalıkları kanser olmaz sorusu sorulmuş, zavallı hayvancıklar kıkırdaklarından olmuştu. Hâlbuki sonradan köpekbalıklarının da kanser olabildiği gözlenmişti. Kıkırdağın yeni damar gelişimini önlediğini biliyoruz, ancak daha sonra yapılan çalışmalarda köpekbalığı kıkırdağı kullananlarda (https://burakuzel-md.com/2010/06/14/kopekbaligi-kikirdagi-%E2%80%93-yeni-kanitlar/) kansere karşı pek fayda sağlanmadığı da gösterilmişti.

Kanser aslında bir veri bozukluğu; örneğin elimizde bir CD var ve üzeri hafif çizilmiş, takıyorsunuz CD oynatıcıya bir problem olmuyor; CD’yi daha çok çiziyorsunuz, artık CD çalışmıyor. Bildiğiniz üzere her hücremizde veri var, bu veri de bazı hücrelerde daha fazla olmak üzere kopyalanıyor; saçlarımız uzuyor, derimizi sürekli yeniliyoruz. Bu kopyalanma sürecinde ise hatalar oluyor; çoğunluğu düzeltiliyor, ancak bazıları ise gözden kaçıyor. Bunun sonucunda ise en fazla bölünen hücrelerde hata şansı artıyor; işte bundan dolayı deri kanseri (bazal hücreli kanser) en sık kanser türlerinden biri. Bu duruma stokastik etki, yani rastgele etki deniyor. Bir de çevresel faktörler de veride hata oranını arttırıyor; örneğin sigara içende akciğer kanseri %6 iken, içmeyende %0,5. Üçüncü etken de herediter (ailesel) veri hataları; örneğin Li-Fraumeni Sendromu olan bireylerin %90’ını kanser oluyor.

Ortalama 70kg olan insan ırkının %11-25’i kanserden ölürken, 7,000kg olan fil ırkının %5’nin kanserden ölmesi bu rastgele etkisinin fillerde çalışmadığını bizlere gösteriyor. Bu duruma Peto etkisi deniyor. Bir insanın hücre sayısı göz önüne alındığında, fillerin fazla yaşamaması beklenirken, filler nasıl bu problemi aşmışlar?

TP53 Geni- Verinin Koruyucusu

TP53 geninin 3 asil görevi var:

  1. DNA’ya zarar geldiğinde DNA onarıcı proteinleri aktifleştirmek
  2. Hücre siklusunu G1/S’de durdurmak
  3. Apoptosis’i başlatmak. Apoptosis bu arada programlanmış hücre ölümü demek; bunun kaybı kontrolsüz büyümeye yol açıyor

İnsan kanserlerin %50’sinde bu gen bozuluyor (mutant). Normalde her insanda çalışan 2 adet (alel) TP53 geni mevcut. Eğer 1 alel varsa, bu duruma Li-Fraumeni Sendromu deniyor ve bu insanların %90’ı kanser oluyor.

İşte fillerin veri aklı burada devreye giriyor; bu güzel hayvanların 20 tane aleli var. Bu nedenden dolayı daha az kanser oldukları düşünülüyor.

Ne varsa doğada var, fil gibi olalım, ama cüsse olarak değil, TP53 geni olarak :)

http://jama.jamanetwork.com/article.aspx?articleid=2456041

Yorum bırakın

Filed under Genel